Chercheur en géomicrobiologie et en géologie sédimentaire
A propos de nous
Biogéosciences est une Unité Mixte de Recherche (UMR) accueillant environ 150 personnes ayant comme employeurs l’université bourgogne europe (UBE), le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), l’École Pratique des Hautes Etudes, et l’Institut Agro Dijon. L’unité comprend des enseignants-chercheurs, des chercheurs, des personnels d’appui à la recherche, des doctorants, des post-doctorants, et des collaborateurs.
Pluri- et interdisciplinaire, Biogéosciences étudie les mécanismes des changements globaux, climatiques et anthropiques, et leurs impacts et interactions avec l’environnement, la biodiversité et la société, de façon intégrée. Elle contribue aux débats académiques et sociétaux actuels autour de ces problématiques.
L’étude des mécanismes des changements globaux vise à comprendre les processus climatiques et leur variabilité, les cycles biogéochimiques et les interactions entre climat et cycle des éléments, à différentes échelles de temps et d’espace. L’impact des changements globaux (climat, urbanisation, pratiques agricoles et forestières) est évalué en étudiant les interactions multi-échelles entre environnements, ressources, biodiversité et évolution biologique.
Mission proposée
Post-doctorat en géomicrobiologie et en géologie sédimentaire
Projet: Microbial carbonate muds, a potential for Carbon capture and STORagE (M-CARBO-STORE)
Le projet étudie la relation entre l’augmentation de la concentration en CO₂ atmosphérique et sa séquestration sous forme de carbonates, influencée notamment par des processus microbiens. Il se concentre sur la formation de boues carbonatées dans divers environnements, influencés par des facteurs climatiques, sédimentaires et diagénétiques différents. L’objectif est d’analyser les flux de carbone et son stockage à long terme dans ces boues, en identifiant les conditions de précipitation et les mécanismes microbiens associés.
Le projet s'attaque aux défis liés au changement climatique grâce à des collaborations avec des groupes de recherche américains et suisses. Il implique des professionnels de l'INRAE, du laboratoire Chrono-environnement et de Biogéosciences en Bourgogne-Franche-Comté (BFC), contribuant à l’initiative HARMI à travers ses work package WP1 (dynamique des communautés microbiennes en réponse au changement climatique), et WP3 (gestion de ces communautés pour l'atténuation du changement climatique).
Le post-doctorant favorisera les échanges de connaissances interdisciplinaires — couvrant la biologie, la géomicrobiologie, la chimie et les sciences de la Terre — afin de faire progresser la compréhension de la précipitation carbonatée médiée par les micro-organismes pour le stockage du carbone à long terme. Il participe aux protocoles analytiques, et acquière des compétences multidisciplinaires.
La durée du projet est de 2 ans – 48 mois.
La recherche concerne les domaines de la géomicrobiologie et la sédimentologie des carbonates microbiens appliqués à la caractérisation des paléoenvironnements, ou plus largement aux processus de surface.
Le candidat post-doctorant utilise des outils de microscopie optique, confocal, MEB. Il devra se former ou posséder des compétences en caractérisation minéralogique, en analyses des communautés microbiennes à travers leurs métabolismes pour comprendre leur rôle dans la précipitation des carbonates.
Les objectifs de ce travail seront de :
Cartographier le lagon de Nouvelle-Calédonie et quantifier la boue carbonatée précipitée.
Modéliser la formation de micrite et son évolution lors de la diagenèse précoce.
Identifier l’origine et la transformation de la matière organique sédimentaire, en analysant des carottes de sédiments avec des méthodes géochimiques et isotopiques.
Caractériser la diversité microbienne liée aux précipitations carbonatées par analyses génétiques et microscopiques.
Comparer les systèmes marins et continentaux pour établir les conditions nécessaires à la formation des carbonates.
Transposer un protocole de minéraux fossiles aux systèmes modernes afin de mieux interpréter les signaux géochimiques actuels.
Notre profil idéal
Les candidats doivent avoir une thèse portant sur la géomicrobiologie et la sédimentologie des carbonates microbiens appliqués à la caractérisation des paléoenvironnements, ou plus largement aux processus de surface et avoir travaillé sur le terrain et à l’aide d’outils de microscopie optique, confocal, MEB.
La capacité à travailler dans une équipe multidisciplinaire est essentielle. Le candidat doit impérativement savoir communiquer et écrire couramment en anglais. Une expérience de terrain serait appréciée.
Le candidat a les compétences requises pour :
Concevoir et piloter la réalisation de campagnes de recueil de données
Traiter les données à l'aide des outils mathématiques et informatiques adaptés
Analyser, interpréter et valider les résultats
Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques
Organiser des collaborations au niveau national et international
Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
Localisation géographique :
Du 01-octobre au 31 décembre : mobilité vers l’Université de Genève sous la supervision de Nina Zeyen.
Pour le reste : Laboratoire Biogéosciences à Dijon (Université Bourgogne Europe) et Laboratoire Chrono-environnement à Besançon (Université Marie et Louis Pasteur à Besançon).
Mission de 1 mois à Université de Uconn (USA) sous la supervision de Pieter Visscher – période à définir
Mission de 15 jours en Nouvelle-Calédonie (Janvier 2026).
Droits et obligations notamment déontologiques et de propriété intellectuelle :
Le bénéficiaire (post-doctorant) sera tenu au secret professionnel à l’égard des tiers, non seulement sur les activités du laboratoire touchant au domaine de l’étude et des recherches, mais également sur les activités du laboratoire dont il pourrait avoir connaissance. Il ne pourra faire de publications ou de communications écrites ou orales relatives à ses recherches qu’après accord préalable du Responsable Scientifique du projet. Les publications et communications du post-doctorant devront nécessairement être cosignées par le responsable scientifique des recherches, membre titulaire du laboratoire. Le résultat des recherches « brevetables » ou non, seront la propriété pleine et entière du laboratoire qui pourra déposer des brevets en son nom, pour protéger les inventions réalisées.
Information :
La nationalité des candidats ainsi que l’affectation du poste (notamment par rapport à une zone à régime restrictif d’accès ZRR au sens de l’article R413-5-1 du code pénal ou à une unité sensible) peuvent avoir des conséquences sur les délais d’établissement du contrat en lien avec les démarches administratives parallèles (pièces et informations complémentaires demandées par les préfectures, consulats etc.). Le contrat ne pourra être établi qu'avec un avis favorable du Haut Fonctionnaire de Défense et de Sécurité (HFSD) lorsqu'il est sollicité.
Durée du contrat : 1 an renouvelable, Début de contrat prévisible : dès que possible à partir du 01/09/2025
Rémunération : plancher de 2741,99€ bruts (cf. arrêté du 04/11/2021)
Candidature
Tout dossier de candidature devra être constitué des pièces suivantes
CV complet incluant le parcours de formation, les certifications et les expériences professionnelles et académiques, publications les plus significatives, stages effectués,
Une lettre de motivation justifiant l’intérêt pour le poste
Le rapport de soutenance de la thèse
Personne à contacter pour plus d’informations : Emmanuelle.vennin@u-bourgogne.fr